El 16 de mayo de 2017, José Francisco salió de su casa, en San Cristóbal, a comprar un paquete de harina pan. Se encontró con unos amigos y se quedó conversando con ellos, cuando llegaron los efectivos de la Guardia Nacional disparando para disolver unas protestas cercanas. Una bala se incrustó en su espalda, tras lo cual se desplomó de inmediato.